液相分析氨基酸的難點主要包括以下幾個方面：

1. 樣品處理：氨基酸分析需要對樣品進行分離和純化，以消除干擾物質的影響。這需要進行精細的樣品處理步驟，如酸水解、衍生化反應等，這些步驟需要嚴格控制條件，以保證分析結果的準確性和可靠性。
2. 分離難度：由于氨基酸的化學結構和性質相似，液相色譜法等分離方法難以將它們完全分離。因此，需要選擇合適的分離方法和色譜柱，以實現對氨基酸的高效分離。
3. 檢測靈敏度：液相分析氨基酸的靈敏度要求較高，因為氨基酸在生物體內的含量通常較低。因此，需要選擇高靈敏度的檢測器，如紫外可見光度計、熒光檢測器等，以提高分析方法的檢測限。
4. 干擾物質的影響：在液相分析中，可能會存在一些干擾物質，如其他代謝物、離子等，這些物質可能會影響氨基酸的分離和檢測。因此，需要進行充分的樣品處理和凈化，以消除這些干擾物質的影響。
5. 儀器維護和保養：液相分析需要使用高精度的儀器和設備，如高效液相色譜儀、色譜柱等。這些儀器和設備的維護和保養需要嚴格控制，以保證分析結果的準確性和穩定性。

綜上所述，液相分析氨基酸的難點主要包括樣品處理、分離難度、檢測靈敏度、干擾物質的影響和儀器維護和保養等方面。為了獲得準確、可靠的分析結果，需要選擇合適的分析方法和技術，并進行充分的實驗驗證和質量控制。